【G覚醒初号機(じーかくせいしょごうき)】

ゴジラの熱光線をコアに受けることによりG細胞(ゴジラエネルギー)を取り込み、エヴァ初号機はG覚醒初号機へと変異した。

【魏怒羅レイ(ぎどられい)】

キングギドラのオーラにより心を奪われた綾波レイ。すべてを拒絶する彼女は使徒をなぎ払い、人間にも刃を向けた。

【ゴジラ(ごじら)】

巨大不明生物と呼ばれる破壊神。長き眠りから目覚め、日本に上陸した。その目的は？

【キングギドラ】

宇宙怪獣にして使徒の王。ゴジラと同時期に宇宙より日本へと飛来した。

【碇シンジ(いかりしんじ)】

巨大不明生物迎撃任務を受ける第3の少年。エヴァンゲリオン初号機パイロット。ゴジラという新たな脅威に対して彼の心はどんな変化を見せるのか。

【綾波レイ(あやなみれい)】

経歴不明の第1の少女。エヴァンゲリオン零号機パイロット。ゴジラ襲来以降はいつもと違う雰囲気。瞳の奥に妖しい光がうつる……。

【式波・アスカ・ラングレー(しきなみあすからんぐれー)】

第2の少女。エヴァンゲリオン2号機パイロット。ゴジラ襲来という状況においても勝気な性格は変わらない。

【真希波・マリ・イラストリアス(まきなみまりいらすとりあす)】

NERVユーロ支部所属。エヴァンゲリオン8号機パイロット。ゴジラ襲来に対しても自分のペースを崩さない。

【葛城ミサト(かつらぎみさと)】

NERV本部所属。エヴァンゲリオンの作戦指揮を担当する。ゴジラ襲来に際し、急遽作戦指揮を取ることとなった。

【赤木リツコ(あかぎりつこ)】

エヴァンゲリオンの開発責任者でありスーパーコンピューター「MAGI」の管理・運用も担当する科学者。巨大不明生物の分析を行い作戦をアシストする。

【加持リョウジ(かじりょうじ)】

NERV主席監察官。巨大不明生物に関する様々な諜報活動を行っている。

【冬月コウゾウ(ふゆつきこうぞう)】

NERVの副司令官。いつもと違うゲンドウの不穏な動きを怪しんでいるようだが……。

【碇ゲンドウ(いかりげんどう)】

NERVの最高司令官で碇シンジの父。ゴジラ殲滅を最優先としているがその真意は定かではない。

【伊吹マヤ(いぶきまや)】

リツコ直属の部下であり補佐役。巨大不明生物の情報収集・分析を担当する。

ゴジラの襲来を迎え撃つNERVとシンジたちエヴァパイロットだが、様子のおかしかった綾波レイが魏怒羅レイに変異し、エヴァの前に立ちふさがる、その背後には碇ゲンドウの影が？？

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