長いあいだ眠っていたゴジラが突如活動を再開し日本に上陸した。

時を同じくしてキングギドラも日本に襲来。その胸には使徒の特徴である赤いコアが？ 果たしてキングギドラは使徒なのか……。

キングギドラのオーラにより心を侵食された綾波レイは「魏怒羅(ぎどら)レイ」となり、人類に刃を向けた。そんなレイを救出すべく、アスカと2号機は魏怒羅レイの前に立ちふさがる。

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NERVと使徒との戦いが続く中で、長く眠っていたゴジラが日本に現れた。使徒に対抗するNERVとゴジラに対抗するG-FORCEはこの未曾有の危機を打開するため共闘することになる。なおNERVとG-FORCEはともに国連が母体である。

初号機とゴジラに迫ってくる宇宙怪獣にして使徒の王キングギドラ。

圧倒的な強さを持つキングギドラを前に、初号機もゴジラも全く対抗することができなかった。

その時、突然ゴジラが初号機に向けて熱光線を発射する。熱光線は初号機のコアに吸収され、G細胞(ゴジラエネルギー)を取り込んだ初号機はG覚醒初号機へと変異した。

キングギドラとG覚醒初号機の最終決戦が今、幕を開ける。

いつも通りの学園生活を送っていたシンジとレイとアスカ。しかし、レイは最近思いつめたような表情をしていることがあり、アスカはそんなレイを少し心配していた。

そんなある日の下校中、空の一点を見つめ立ち止まってしまったレイ。心配して声をかけたアスカにレイは「私に近寄らないで！」と拒絶した。

直後、レイは頭を抱えて苦しみだし、その身体からキングギドラのような形のオーラと帯電が発生。瞬く間にレイは覆いつくされる。

オーラの影響で魏怒羅レイへと変異したレイは、使徒も、エヴァも、人間も、すべてを拒絶した。

その力で使徒を薙ぎ払い、その矛先を人間へと向けようとしたレイの前に、2号機に搭乗したアスカが変異したレイを元に戻すべく説得を試みる。

アスカはレイの心を取り戻せるのか？

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