部門賞は前年まで全３部門でしたが、この年から４つに増えその対象も一新！　「サウンド」「筐体デザイン」「キャラクター」「ドット・液晶」の４部門それぞれに投票してもらえる形となりました。そんな各部門の初代１位は上記の通り！　前年大賞の「押忍！番長」は「サウンド」「キャラクター」「ドット・液晶」の３部門で１位を獲得。唯一「筐体デザイン」では「秘宝伝」が１位となりましたが、最終的には「大都技研」マシンが首位を独占することになりました。これも４号機～５号機の過渡期ならではの結果といえるでしょう。

４号機の最後の超人気マシンともいえる前年大賞機種「押忍！番長」は第２位。そんな機種をおさえてこの年大賞となったのは…「秘宝伝」！前年に引き続き「大都技研」のマシンのワンツーフィニッシュとなりました。３位には勝てないというウワサが多かった中、５号機のイメージを一新した「スパイダーマン２」がランクイン！　４位以下も同様の結果となっており、全体的には2006年を象徴したようなランキングとなりました。